Estructuras+en+3D

Esta página web tiene una serie de enlaces en cada unidad en el apartado de "curiosidades" bajo el nombre de "estructuras en 3D". En estos enlaces podemos visualizar estructuras en tres dimensiones relacionadas con la unidad y además podremos interactuar con ellas para ver cómo se organizan en el espacio.

 Utilizaremos para esto el formato pdb y el programa Jmol:

 __**Formato pdb:**__ Para poder ver estas estructuras hay que tener instalado el plugin CHIME® y así podremos examinar estas moléculas directamente desde cualquier navegador que tengáis instalado. Este plugin permite leer archivos en formato pdb (Protein Data Bank) y os darán toda una serie de opciones muy interesantes como rotar la molécula, acercarla, seleccionar átomos,...

 Para tener el plugin CHIME® hay que bajarlo desde su página web (hay que registrarse previamente) y después instalarlo. Si el navegador es Internet Explorer no hay que hacer nada más , pero si tienes otro navegador habrá que cambiar los plugins que el programa ha dejado de forma predeterminada en Internet Explorer y ponerlos en vuestro navegador. Antes de hacerlo preguntarme en clase para explicarlo mejor, de todas forma os dejo un par de enlaces para que podáis tener más información:


 * www.symyx.com: Página oficial donde se descarga el plugin.
 * www.pdb.org: Base de datos de estructuras en este formato.
 * www.uwsp.edu/chemistry/: Página de la Universidad Stevens Point de Wisconsin, concretamente del departamento de química. Aquí encontraréis una gran colección de moléculas, tanto orgánicas como inorgánicas.
 * www.educastur.princast.es/proyectos/biogeo_ov/2BCH/index_2bc.htm: Impresionante página web, aquí tenéis todo tipo de material relacionado con esta asignatura, el link que os he puesto os lleva a una sección con una guía de instrucciones (en español) perfecta para bajar e instalar el programa.

__**Programa Jmol**:__ Es un visor Java de código abierto y gratuito , la visualización es muy similar a la aportada por el plugin CHIME® pero nos permite muchas más opciones. Actualmente es el sistema más usado para la visualización de moléculas en 3D, por lo que la colección de estructuras es muy amplia. Este programa tiene múltiples aplicaciones y puede ser más complejo que el anterior, para utilizarlo preguntarme antes de instalarlo.
 * @http://jmol.sourceforge.net/: Página oficial donde se explica perfectamente todo lo relacionado con el programa, aquí se puede descargar, hay guías para aprender a utilizarlo y algunas moléculas para practicar.
 * Bioquímica estructural para la enseñanza secundaria: Colección de todas las biomoléculas orgánicas, muy buena página para familiarizarse con el programa y con la visulización de las diferentes estructuras.